В 1827 году он прибыл в Санкт-Петербург. В столице до 1833 гТам он был зачислен в знаменитую императорскую академию художеств, работал учеником у английского пейзажиста Джорджа Доу, который его обучил разным секретам художественного мастерства.
В 1833 году Хруцкий поступил в Императорскую Академию Художеств в качестве "постороннего" ученика. Он обучался в пейзажной мастерской Михаила Воробьева, кроме этого посещал портретный класс Александра Варнека.
В 1836 году за картину "Цветы и плоды" Хруцкий был награжден академическим Советом большой серебряной медалью. В том же году ему было присвоено звание свободного художника. Картина Хруцкого "Старуха, вяжущая чулок" (1838) близка по стилю к работам художников, не имевших академического образования, к картинам Алексея Венецианова и Василия Тропинина. В этом же году художник году он закончил обучение в Академии и получил звание свободного художника.
В 1838 году за за натюрморт "Цветы и плоды" Иван Хруцкий был награжден малой золотой медалью.
В 1839 году Хруцкий "за отличные труды в портретной, пейзажной и особенно по живописи плодов и овощей" был удостоен звания академика.
В 1839 году в связи со смертью отца Иван Фомич Хруцкий покинул Санкт-Петербург.
В 1844 году художник приобрел имение Захарничи неподалеку от Полоцка, где по собственному проекту построил дом и заложил сад.
С 1845 по 1855 годы Хруцкий выполнил большое количество работ по заказам своего покровителя – литовского митрополита Иосифа Семашко. Он писал иконы для Александро-Невского собора в Ковно, для церкви Святого Иосифа Обручника в Тринополе, пещерной церкви Трех Мучеников в Вильно. На протяжение многих лет художник написал множество портретов духовных лидеров греко-униатской церкви Российской империи, семейные портреты, интерьеры своей усадьбы, городские и деревенские пейзажи, иконостасы для униатских церквей.
Умер Иван Фомич Хруцкий в 1885 году, похоронен в фамильном склепе в имении Захарничи.